Nos projets visent \u00e0 \u00e9tudier le r\u00f4le d\u2019\u00e9l\u00e9ments cis de l\u2019ARNm dans le contr\u00f4le traductionnel op\u00e9r\u00e9 par certaines prot\u00e9ines ribosomiques, les m\u00e9canismes par lesquels des ARN antisens et des ARNs r\u00e9gulent l\u2019expression de l\u2019ARNm, ainsi que la fonction d\u2019autres facteurs tels que les ribonucl\u00e9ases ou la prot\u00e9ine chaperon \u00e0 ARN Hfq dans cette r\u00e9gulation. Nous utilisons Escherichia coli<\/em> comme organisme mod\u00e8le compte tenu d’une part de la connaissance g\u00e9n\u00e9rale que nous avons de cette bact\u00e9rie et d’autre part des nombreux outils disponibles pour la mise en \u0153uvre de ces projets. Nombre de nos r\u00e9sultats devraient \u00eatre transposables \u00e0 d\u2019autres ent\u00e9robact\u00e9ries qu\u2019elles soient ou non pathog\u00e8nes.
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<\/p>\n\n\n\nTh\u00e8me de recherche n\u00b02:\u00a0
Maturation et stabilit\u00e9 de l’ARN<\/h2>\n\n\n\n
\n\n\n\n
Chez E. coli<\/em>, la stabilit\u00e9 des ARN d\u00e9pend de coupures endoribonucl\u00e9otidiques qui d\u00e9clenchent la d\u00e9gradation des ARN et aussi de l\u2019addition en 3′ de s\u00e9quences poly(A) qui facilitent l\u2019\u00e9limination des fragments d\u2019ARN par les exoribonucl\u00e9ases. D\u2019autres facteurs comme les h\u00e9licases \u00e0 ARN, les ribosomes, la prot\u00e9ine Hfq et des ARN r\u00e9gulateurs participent \u00e0 ces processus. Bien que la majorit\u00e9 des ribonucl\u00e9ases, si ce n’est toutes, qui interviennent dans la maturation ou la d\u00e9gradation des ARN aient d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9es, leur fonction sp\u00e9cifique n\u2019est pas connue. Nous avons d\u00e9couvert de mani\u00e8re surprenante que la polyad\u00e9nylation des ARN bact\u00e9riens participait \u00e0 leur d\u00e9gradation. Longtemps consid\u00e9r\u00e9e comme une sp\u00e9cificit\u00e9 des ARNm eucaryotes, la polyad\u00e9nylation est maintenant reconnue comme un processus universel affectant toutes les cat\u00e9gories d\u2019ARN. Chez les eucaryotes et les procaryotes, cette voie de d\u00e9gradation joue un r\u00f4le dans le contr\u00f4le de la qualit\u00e9 des ARN en permettant la d\u00e9gradation sp\u00e9cifique des ARN non fonctionnels. Elle permet \u00e9galement la d\u00e9gradation exoribonucl\u00e9olytique des petits fragments d\u2019ARN produits par les endoribonucl\u00e9ases lors de la maturation et l\u2019inactivation des transcrits primaires. De plus, la poly(A)polym\u00e9rase modifie la stabilit\u00e9 fonctionnelle des ARNm, d\u00e9montrant ainsi que la polyad\u00e9nylation peut intervenir dans l\u2019expression g\u00e9nique chez E. coli<\/em>.<\/p>\n\n\n\n La prot\u00e9ine Hfq est impliqu\u00e9e dans diff\u00e9rents m\u00e9canismes incluant la d\u00e9gradation et la traduction. Cette prot\u00e9ine a une fonction essentielle apr\u00e8s des stress et participe \u00e0 l\u2019expression de facteurs de virulence chez de nombreuses bact\u00e9ries pathog\u00e8nes. Elle peut agir directement ou indirectement en facilitant l\u2019interaction entre les ARNm et les ARNs. Curieusement, Hfq modifie \u00e9galement l\u2019abondance de certains ARNm et ce ind\u00e9pendamment de leur d\u00e9gradation. De plus, elle est impliqu\u00e9e dans la d\u00e9gradation poly(A)d\u00e9pendante des ARN. Nous mettons en \u0153uvre des approches in vivo<\/em> et in vitro<\/em> pour analyser le mode d\u2019action de Hfq ainsi que sa fonction dans le m\u00e9tabolisme cellulaire. Notre objectif principal est ainsi de comprendre comment ces facteurs participent \u00e0 la r\u00e9gulation de l\u2019expression g\u00e9nique par l\u2019ARN. De nombreux travaux ont point\u00e9 les fortes connexions liant les ARNs \u00e0 d\u2019autres r\u00e9gulateurs. En effet, si la transcription des ARNs est r\u00e9gul\u00e9e par des facteurs de transcription ou des facteurs sigma alternatifs, inversement, de nombreux ARNs r\u00e9gulent directement la synth\u00e8se de certains facteurs de transcription. La biologie sous-jacente \u00e0 cette intrication de boucles de r\u00e9gulation est \u00e0 l’heure actuelle tr\u00e8s mal comprise. Nous \u00e9tudions divers syst\u00e8mes g\u00e9niques qui ont fait ressortir cette incroyable et surprenante complexit\u00e9. Ainsi, deux ARNs ind\u00e9pendants qui r\u00e9gulent par des m\u00e9canismes similaires l’expression du syst\u00e8me \u00e0 deux composants PhoP\/PhoQ ont des effets totalement diff\u00e9rents sur l\u2019expression du r\u00e9gulon PhoP. Si l\u2019on consid\u00e8re la comp\u00e9tition que se livrent les ARNs pour acc\u00e9der \u00e0 Hfq et celle \u00e0 laquelle se livrent plusieurs ARNm pour \u00eatre cibl\u00e9s par un m\u00eame ARNs, nos r\u00e9sultats soulignent la n\u00e9cessit\u00e9 de faire intervenir la biologie des syst\u00e8mes dans l’\u00e9tude de la r\u00e9gulation de l’expression g\u00e9nique par les ARNs. <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Th\u00e8me de recherche n\u00b01: M\u00e9canismes de r\u00e9gulation de l’expression g\u00e9nique par des ARNs La r\u00e9gulation de l’expression des g\u00e8nes joue un r\u00f4le cl\u00e9 dans l\u2019adaptation des bact\u00e9ries \u00e0 leur environnement. Cette r\u00e9gulation a d’abord \u00e9t\u00e9 mise en \u00e9vidence au niveau de la transcription, la premi\u00e8re \u00e9tape de l’expression g\u00e9nique. 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<\/p>\n\n\n\nTh\u00e8me de recherche n\u00b03:
Les ARNs dans les r\u00e9seaux de r\u00e9gulation de la cellule<\/h2>\n\n\n\n
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